لقد كان العمل الإنساني الإغاثي في أبعاده المختلفة واحداً من مستهدفات عمل الجمعية منذ إنشائها، ومنطلقاً من منطلقات نشاطها باعتباره من مقومات العقيدة الإسلامية التي تدعو إلى إغاثة الملهوف ونجدة المكروب وإعانة الفقراء والمساكين، ومد يد العون لضحايا النكبات والصراعات والحروب، فكانت القوافل الطبية من أهم البرامج التي اعتمدتها الجمعية في ذلك المجال حيث سيّرت الجمعية منذ إنشائها ما يقارب من 262 قافلة طبية تحتوي كل منها على عدد من الأطباء والممرضين وكميات من الأدوية والمستلزمات الطبية والإغاثية، وقد سُيّرت تلك القوافل إلى حوالي 25 دولة في أفريقيا، وعشر دول في آسيا، ودولتين في أوروبا، ودولتين في أمريكا اللاتينية، وعادة ما تقدم تلك القوافل خدماتها مباشرة إلى القرى النائية والتجمعات الفقيرة على مدى فترة زمنية تتراوح بين عشرة أيام وأسبوعين.
كما تمثل المرافق الصحية للجمعية أحد الروافد الأساسية لعملها الإغاثي، وفي مقدمة تلك المرافق مستشفى الفتح بجمهورية بنين بسعة مائة وخمسة وعشرين سريراً، وهو من أبرز مستشفيات غرب أفريقيا، ويقدم خدماته الطبية والإيوائية للآلاف من سكان بنين والتوغو ونيجيريا، ويصل متوسط المستفيدين من خدماته شهرياً إلى 3420 شخصاً.
كما تمثل العيادات الطبية في عدد من دول أفريقيا وآسيا رافداً آخر لعملها الإغاثي، ويصل عددها إلى 10 عيادات جلّها ملحق بمراكز إسلامية أقامتها الجمعية، غير أن عدد تلك العيادات قد يزيد أو ينقص حسب حاجة البلد والتسهيلات التي يقدمها، ووفق الإمكانيات المادية المتاحة للجمعية، يضاف إلى كل ذلك الدعم الطبي لبعض المؤسسات الصحية في بعض الدول الأفريقية، وبرنامج الطبيب الزائر الذي نفذته الجمعية خلال بعض السنوات.